Grundlage für die Umsetzung von Maßnahmen im Projektgebiet ist ein zwischen allen Beteiligten abgestimmter Pflege- und Entwicklungsplan (PEPL). Dieser wurde 1999 fertiggestellt und als naturschutzfachlicher Projektplan von den Gremien des Zweckverbandes, den Umweltministerien der Länder Mecklenburg-Vorpommern und Schleswig-Holstein sowie dem Bundesamt für Naturschutz genehmigt.
Sich verändernde Rahmenbedingungen wie die Eigentumsverhältnisse, Gesetzeslagen und europäische Richtlinien unter anderem NATURA 2000 und die Wasserrahmenrichtlinie führten dazu, dass 2005 der PEPL fortgeschrieben und angepasst wurde. Die Schwerpunktempfehlungen des Planes von 1999 wurden bestätigt und für ausgewählte Schwerpunkträume im Projektgebiet konkretisiert.
Da der Erfolg eines Naturschutzgroßprojektes maßgeblich von der Akzeptanz in der Region abhängig ist, wurde zur Entwicklung des PEPL 1999, als auch zur Fortschreibung 2005, die Öffentlichkeit bzw. die verschiedenen Institutionen und Interessensgruppen der Region über eine Projektbegleitende Arbeitsgruppe eingebunden. Dieses Vorgehen hat wesentlich zu der heutigen Akzeptanz des Projektes in der Schaalsee-Region beigetragen.